塑料周轉箱在用于過濾、水產養殖、存放食品等特殊用途時需要對箱體進行消毒滅菌處理。具體消毒方式可以選擇高溫消毒、消毒液擦拭或者臭氧消毒。

高溫消毒法：使用高溫蒸煮可以消滅塑料周轉箱表面大部份常見的細菌，在一定程度上達到消毒目的。使用這種消毒方式，消毒溫度要根據塑料周轉箱的耐高溫程度進行調節。

擦拭消毒液：先在塑料周轉箱表面擦拭84消毒液、高錳酸鉀等消毒液，消毒過后再用清水沖洗即可。注意選用的消毒液不會對塑料周轉箱產生化學反應，且使用劑量要控制好。

臭癢消毒：把塑料周轉箱置于臭氧環境下進行殺菌消毒。因為臭氧是一種強氧化劑，高濃度臭氧可能加快塑料周轉箱的老化速度，所以把臭氧濃度適當降低到一定程度后，對塑料周轉箱的影響才會變得微乎其微。